Poca información existe sobre este músico. Según Barbosa Machado fue alumno de António Ferro en Portalegre y murió en 1653 en Vila Viçosa, donde era tesorero de la capilla ducal. Sin embargo, el registro de la parroquia de Vila Viçosa documenta la muerte el 3 de noviembre de 1643 de ‘P. João Gomes tizoreyro da capella, está enterrado em São Paulo'. En el Mercês de D. Teodósio II, Gomes es descrito como 'capellán y cantante' en la corte ducal, recibiendo pagos entre el 28 de agosto de 1594 y el 5 de febrero de 1616. Uno de éstos, por 3000 reis en 1609, era por chançonetas para la Navidad anterior, y una entrada fechada el 8 de octubre de 1618 se refiere a su sueldo anual de 66,000 reis.

Puede haber actuado como mestre de capela después de la salida de Pinheiro (antes de 1608) y antes que Roberto Tornar asumiera el puesto en 1616. Es poco probable que haya sido el 'cantor contralto' que sirvió en la capilla real de Lisboa desde 1595 a 1609, aunque posiblemente puede haber sido el ‘portugués contrabajo' que reemplazó al 'bajón' ausente en la cercana ciudad española de Badajoz en la Navidad de 1598. Una composición de "Lumen ad revelationem" (1610) lo muestra por lo menos como un contrapuntista  competente.

Gomes se trasladó a la Catedral de Évora, donde asumió el puesto de tesorero. En la página de título de un volumen manuscrito de cantos revisado por él, es descrito como habiendo estado en Vila Viçosa, donde los cantos habían sido cantados. Un "Libera me" y varios villancicos también sobreviven en Évora, aunque es incierto si éstos son suyos o de otro João Gomes listado como segundo organista en la Catedral de Évora en 1651. Un motete de seis partes atribuido a João Gomes, "Subvenite sancti Dei" (ahora perdido), estaba en la biblioteca de João IV.